在搜索引擎发展早期，多是作为技术提供商为其他网站提供搜索服务，网站付钱给搜索引擎。后来，随着2001年互联网泡沫的破灭，大多转向为竞价排名方式。
现在搜索引擎的主流商务模式（百度的竞价排名、Google的AdWords）都是在搜索结果页面放置广告，通过用户的点击向广告主收费。这种模式最早是比尔·格罗斯（Bill Gross）提出的。他于1998年6月创立GoTo公司（后于2001年9月更名为Overture），实施这种模式，取得了很大的成功，并且申请了专利。这种模式有两个特点，一是点击付费（Pay Per Click），用户不点击则广告主不用付费。二是竞价排序，根据广告主的付费多少排列结果。 2001年10月，Google推出AdWords，也采用点击付费和竞价的方式。2002年，Overture起诉Google侵犯了其专利。2004年8月，和Yahoo！（Yahoo！于2003年7月收购Overture）达成和解，向后者支付了270万普通股（合3亿美元不到）作为和解费。
AdSense是Google于2003年推出的一种新的广告方式。AdSense使各种规模的的第三方网页发布者进入Google庞大的广告商网络。Google在这些第三方网页放置跟网页内容相关的广告，当浏览者点击这些广告时，网页发布者能获得收入。AdSense在blogger中很受欢迎。同时，Google武断地删除一些帐号，引起部分人的不满。类似的广告方式，其他搜索引擎也先后推出。雅虎的广告方式是YPN（Yahoo Publisher Network），YPN 除了可以在网页上显示与内容相关的广告以外，还可以通过在 RSS 订阅中来显示广告。微软的广告计划叫AdCenter。百度也推出主题推广。